기본 콘텐츠로 건너뛰기

R에서 데이터 오류가 나는 경우



 R에서 데이터를 다루다보면 다양한 포맷의 데이터를 읽어들이거나 처리하는 과정에서 에러가 나는 경우를 쉽게 볼 수 있습니다. 표준 csv 파일의 경우 그런 경우가 적지만, SAS/STATA 같은 다른 통계 패키지나 혹은 엑셀로 데이터를 다루는 경우 에러가 있는 파일을 읽어들이면 R에서도 여러 가지 오류가 발생합니다. 


 대표적인 경우는 엑셀에서 값에 에러가 있었는데 모르고 R에서 불러들이는 경우입니다. #DIV/0! (0으로 나누어진 잘못된 값이 있다는 뜻)이 대표적인 경우입니다. 이 경우 엑셀에서 이런 이상한 값이 있는지 확인해고 제거해주면 문제가 해결됩니다. 경우에 따라서는 한글 데이터가 문제를 일으키는 경우도 있습니다. 예를 들어 아래와 같은 경우입니다. 


> data1=read.csv("H:/KoGES/nutri.csv")
> data2=read.csv("H:/KoGES/HTN12.csv")
> result<-merge all.x="TRUE)</span" data1="" data2="" key="RID">
Error: cannot allocate vector of size 467.5 Mb


 두 개의 데이터를 읽어서 합치는 과정에서 cannot allocate vector of size.... 라는 메세지가 뜨면서 작업이 진행되지 않습니다. 이 경우 작업 관리자를 띄워보면 메모리를 급속히 잡아먹으면서 메모리가 모자란 상황이 되었음을 알 수 있습니다. 




 참고로 R은 이상한 데이터가 있으면 이를 수정하는 과정에서 메모리를 급속히 소진하는 것으로 보입니다. DIV 에러 발생시에도 비슷하게 메모리를 모두 잡아먹는 특징이 나타납니다. 아무튼 이런 에러가 있으면 데이터 크기는 10MB 수준인데 메모리는 10GB를 먹을 수 도 있습니다. 이럴 때 메모리가 부족한지 알고 메모리를 증설해도 문제는 해결되지 않습니다. 방법은 에러를 제거하는 것입니다. 에러를 확인하기 위해 summary를 통해 데이터의 전체 모습을 확인합니다. 




 여기서 보면 RID라고 표기되어야 하는 값이 이상하게 글자가 깨진 것을 확인할 수 있습니다. 이 에러는 한글 입력과 관련된 오류로 보이는데, 엑셀에서 수정할 수 있습니다. 




 CSV UTF-8 (쉼표로 분리)로 저장한 파일을 CSV(쉼표로 분리)로 변경하면 이 문제가 해결되는 것을 볼 수 있습니다. 


 이 오류에 대해서 구글링을 해봤는데 사실 쉽게 해답을 찾을 수 없었습니다. (개인적으로 파일 문제가 아닌가 싶어 파일 교체 후 해결되는 것 확인) 그래서 이렇게 블로그에 올려 봅니다. 비슷한 문제로 곤란을 겪는 분께 도움이 되었으면 합니다. 


 그리고 R에서 이상하게 메모리를 집어먹는 문제는 거의 메모리 문제가 아닐 가능성이 높습니다. 그보다는 파일 문제가 더 가능성 있다는 것을 염두에 두시면 메모리 가격도 비싼데 불필요한 메모리 업그레이드를 피할 수 있을 것입니다. 



댓글

  1. 감사합니다~
    저도 동일한 에러가 나서...고민중인데...문제의 원인을 찾고 있습니다...한글이라...
    여튼...영문만 있고...한글도움말은 거의 없는데...같은 고민을 하셨던 분이 있어서...고맙습니다.

    답글삭제

댓글 쓰기

이 블로그의 인기 게시물

통계 공부는 어떻게 하는 것이 좋을까?

 사실 저도 통계 전문가가 아니기 때문에 이런 주제로 글을 쓰기가 다소 애매하지만, 그래도 누군가에게 도움이 될 수 있다고 생각해서 글을 올려봅니다. 통계학, 특히 수학적인 의미에서의 통계학을 공부하게 되는 계기는 사람마다 다르긴 하겠지만, 아마도 비교적 흔하고 난감한 경우는 논문을 써야 하는 경우일 것입니다. 오늘날의 학문적 연구는 집단간 혹은 방법간의 차이가 있다는 것을 객관적으로 보여줘야 하는데, 그려면 불가피하게 통계적인 방법을 쓸 수 밖에 없게 됩니다. 이런 이유로 분야와 주제에 따라서는 아닌 경우도 있겠지만, 상당수 논문에서는 통계학이 들어가게 됩니다.   문제는 데이터를 처리하고 분석하는 방법을 익히는 데도 상당한 시간과 노력이 필요하다는 점입니다. 물론 대부분의 학과에서 통계 수업이 들어가기는 하지만, 그것만으로는 충분하지 않은 경우가 많습니다. 대학 학부 과정에서는 대부분 논문 제출이 필요없거나 필요하다고 해도 그렇게 높은 수준을 요구하지 않지만, 대학원 이상 과정에서는 SCI/SCIE 급 논문이 필요하게 되어 처음 논문을 작성하는 입장에서는 상당히 부담되는 상황에 놓이게 됩니다.  그리고 이후 논문을 계속해서 쓰게 될 경우 통계 문제는 항상 나를 따라다니면서 괴롭히게 될 것입니다.  사정이 이렇다보니 간혹 통계 공부를 어떻게 하는 것이 좋겠냐는 질문이 들어옵니다. 사실 저는 통계 전문가라고 하기에는 실력은 모자라지만, 대신 앞서서 삽질을 한 경험이 있기 때문에 몇 가지 조언을 해줄 수 있을 것 같습니다.  1. 입문자를 위한 책을 추천해달라  사실 예습을 위해서 미리 공부하는 것은 추천하지 않습니다. 기본적인 통계는 학과별로 다르지 않더라도 주로 쓰는 분석방법은 분야별로 상당한 차이가 있을 수 있어 결국은 자신이 주로 하는 부분을 잘 해야 하기 때문입니다. 그러기 위해서는 학과 커리큘럼에 들어있는 통계 수업을 듣는 것이 더 유리합니다. 잘 쓰지도 않을 방법을 열심히 공부하는 것은 아무래도 효율

150년 만에 다시 울린 희귀 곤충의 울음 소리

  ( The katydid Prophalangopsis obscura has been lost since it was first collected, with new evidence suggesting cold areas of Northern India and Tibet may be the species' habitat. Credit: Charlie Woodrow, licensed under CC BY 4.0 ) ( The Museum's specimen of P. obscura is the only confirmed member of the species in existence. Image . Credit: The Trustees of the Natural History Museum, London )  과학자들이 1869년 처음 보고된 후 지금까지 소식이 끊긴 오래 전 희귀 곤충의 울음 소리를 재현하는데 성공했습니다. 프로팔랑곱시스 옵스큐라 ( Prophalangopsis obscura)는 이상한 이름만큼이나 이상한 곤충으로 매우 희귀한 메뚜기목 곤충입니다. 친척인 여치나 메뚜기와는 오래전 갈라진 독자 그룹으로 매우 큰 날개를 지니고 있으며 인도와 티벳의 고산 지대에 사는 것으로 보입니다.   유일한 표본은 수컷 성체로 2005년에 암컷으로 생각되는 2마리가 추가로 발견되긴 했으나 정확히 같은 종인지는 다소 미지수인 상태입니다. 현재까지 확실한 표본은 수컷 성체 한 마리가 전부인 미스터리 곤충인 셈입니다.   하지만 과학자들은 그 형태를 볼 때 이들 역시 울음 소리를 통해 짝짓기에서 암컷을 유인했을 것으로 보고 있습니다. 그런데 높은 고산 지대에서 먼 거리를 이동하는 곤충이기 때문에 낮은 피치의 울음 소리를 냈을 것으로 보입니다. 문제는 이런 소리는 암컷 만이 아니라 박쥐도 잘 듣는다는 것입니다. 사실 이들은 중생대 쥐라기 부터 존재했던 그룹으로 당시에는 박쥐가 없어 이런 방식이 잘 통했을 것입니다. 하지만 신생대에 박쥐가 등장하면서 플로팔랑곱

9000년 전 소녀의 모습을 복원하다.

( The final reconstruction. Credit: Oscar Nilsson )  그리스 아테나 대학과 스웨덴 연구자들이 1993년 발견된 선사 시대 소녀의 모습을 마치 살아있는 것처럼 복원하는데 성공했습니다. 이 유골은 그리스의 테살리아 지역의 테오페트라 동굴 ( Theopetra Cave )에서 발견된 것으로 연대는 9000년 전으로 추정됩니다. 유골의 주인공은 15-18세 사이의 소녀로 정확한 사인은 알 수 없으나 괴혈병, 빈혈, 관절 질환을 앓고 있었던 것으로 확인되었습니다.   이 소녀가 살았던 시기는 유럽 지역에서 수렵 채집인이 초기 농경으로 이전하는 시기였습니다. 다른 시기와 마찬가지로 이 시기의 사람들도 젊은 시절에 다양한 질환에 시달렸을 것이며 평균 수명 역시 매우 짧았을 것입니다. 비록 젊은 나이에 죽기는 했지만, 당시에는 이런 경우가 드물지 않았을 것이라는 이야기죠.   아무튼 문명의 새벽에 해당하는 시점에 살았기 때문에 이 소녀는 Dawn (그리스어로는  Avgi)라고 이름지어졌다고 합니다. 연구팀은 유골에 대한 상세한 스캔과 3D 프린팅 기술을 적용해서 살아있을 당시의 모습을 매우 현실적으로 복원했습니다. 그리고 그 결과 나타난 모습은.... 당시의 거친 환경을 보여주는 듯 합니다. 긴 턱은 당시를 살았던 사람이 대부분 그랬듯이 질긴 먹이를 오래 씹기 위한 것으로 보입니다.   강하고 억센 10대 소녀(?)의 모습은 당시 살아남기 위해서는 강해야 했다는 점을 말해주는 듯 합니다. 이렇게 억세보이는 주인공이라도 당시에는 전염병이나 혹은 기아에서 자유롭지는 못했기 때문에 결국 평균 수명은 길지 못했겠죠. 외모 만으로 평가해서는 안되겠지만, 당시의 거친 시대상을 보여주는 듯 해 흥미롭습니다.   참고  https://phys.org/news/2018-01-teenage-girl-years-reconstructed.html